朱常洛的生母王氏本是慈宁宫宫女。有一次明神宗到慈宁宫向太后请安时，因太后不在，他一时兴起宠幸了王氏。

只此一次，王氏便怀孕了。李太后知悉后，想起自己当年当宫女时的辛酸，对王氏深表同情，于是请明神宗封王氏为恭妃。

公元1586年，首辅申时行上疏，请求册立朱常洛为太子。明神宗以他年龄还小为由推托，示意过两三年后再说。大臣们怀疑他要废长立幼，纷纷上书请求册立东宫。

明神宗不愿面对朝臣一致的反对之声，开始不再临朝听政，转而沉迷六宫佳丽之中。

他的消极对抗态度，使事态愈演愈烈。百官集体要求册立太子，否则就集体辞职。明神宗无奈推说等朱常洛十五岁时册立，之后又延期至二十岁时举行册立大典。

习惯当和事佬的首辅申时行先是与大臣联合上疏反对，后又悄悄向明神宗表明心迹。此事曝光之后，申时行名誉扫地，只得灰溜溜地辞职返乡。

这次立储之争前后持续十五年之久，在李太后的强势干预下，明神宗被迫让步，立年已二十的朱常洛为太子，朱常洵为福王。

十五年纷争之中，无数大臣被斥、被贬、被杖打。这场国本之争，使申时行、王家屏、赵志皋、王锡爵等四位内阁首辅被逼辞职，先后有一百多名官员被罢官、解职或发配充军。

明神宗也被搞得心力交瘁。他贵为天子却身不由己，从此开始懈怠朝政。此后三十年间，他始终不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。据说新入内阁的辅臣从来没见过皇帝长什么样，他们每日枯坐朝房一筹莫展，只能靠着数太阳影子的长短来打发上班时间。

明廷就此陷入空转。公元1602年，南北两京共缺尚书三名，侍郎十名，各地缺巡抚三名，布政使、按察使六十六名，知府二十五名。

诡异的是，明神宗虽然不上朝，但他在位四十余年间没有宦官之乱，没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣。甚至就连朝廷党争也有所收敛。

但是，深受明神宗信任的辽东总兵李成梁渐渐腐化堕落，他不仅谎报军情，骗取军功，同时有意偏袒满族人努尔哈赤，最终导致满族入主中国。难怪《明史》断言：明之亡，实亡于神宗。