从那里，他于公元前106年再次发动对塞浦路斯的入侵，并成功征服了该岛。

最初，他控制了基伦奈（Cyrene），但在公元前105年之后，它似乎被他的同父异母兄弟托勒密·阿皮翁（Ptolemy Apion）控制。

阿皮翁通过发布遗嘱保护了自己的地位，遗嘱中规定如果他无嗣而死，所有领土将归罗马（Rome），这种方法常被希腊化时期的国王用来防止对手篡位或刺杀。

然而，阿皮翁实际上在公元前96年无嗣去世，意味着罗马继承了这些领土。

公元前103年，哈斯莫尼王朝的新国王亚历山大·雅纳乌斯（Alexander Jannaeus）率军征服了托勒梅斯·阿科（Ptolemais Akko）。

该城向托勒密九世求援，他赶来救援并迫使雅纳乌斯解除围城。

之后，他入侵加利利（Galilee），并在约旦河（River Jordan）附近的阿索丰（Asophon）战役中击败了雅纳乌斯，并在犹太（Judaea）肆意掠夺。

由于担心托勒密九世计划将犹太作为入侵埃及的跳板，克利奥帕特拉三世和托勒密十世自己也入侵了犹太。

托勒密十世先是通过海路入侵腓尼基（Phoenicia），然后向内陆进军至大马士革（Damascus），而克利奥帕特拉三世则围攻托勒梅斯·阿科。

托勒密九世试图绕过他们进入埃及，但托勒密十世及时赶回并阻止了他。

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托勒密九世在加沙（Gaza）过了一个冬天，然后决定于公元前102年初返回塞浦路斯。

直到公元前 88 年，人们对他的活动一无所知。

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公元前88年春，亚历山大的军队和人民反对托勒密十世（Ptolemy X），将他驱逐出埃及。

亚历山大人随后召回托勒密九世登基。

托勒密九世于11月在孟菲斯（Memphis）正式重新加冕为法老。

在他的第一次统治期间，托勒密九世使用了“母爱救世主”（Philometor Soter）这一称号，但在他回国后，舍弃了“母爱”（Philometor）这一部分，因为它与他的母亲相关。

克利奥帕特拉三世和托勒密十世的崇拜和记忆似乎被正式抑制了。