然而两人的关系很坏。因为高拱的阻挠，冯保始终无法出任司礼监掌印太监。当冯保和高拱明争暗斗的时候，张居正（1525年—1582年）找到了扳倒高拱的好办法。他表面上支持高拱，暗中却和冯保保持着紧密合作关系。

高拱雄心勃勃，打算收拾掉冯保的同时，将司礼监的权力收归内阁。他的计划如果能成功，便意味着丞相制度重现江湖。所以他信誓旦旦地鼓动张居正一起行动：“应与公共立此不世功。”

张居正微微一笑，转头将消息密报冯保。刀已经架到了脖子上，冯保不甘心坐以待毙，决定主动出击。

明穆宗去世时，高拱悲痛万分，曾在内阁说过一句话：“十岁太子，怎能治天下！”

冯保只改了三个字，这句话变成了“十岁太子，怎能做人主！”他又买通两宫近侍，向李太后诬陷高拱欺太子年幼，欲废之而迎立河南周王。

高拱以专政擅权之罪遣回原籍，同年张居正出任首辅，一切军政大事均由他裁决。他担任内阁首辅十年，实行一系列改革以整饬吏治，富国强兵。财政上，他清丈田地，推行一条鞭法；军事上，他任用戚继光、李成梁、殷正茂等名将南征北战；吏治上，则实施考成法考核各级官吏，使吏治肃然。

张居正清丈土地的起点是福建，随后将经验陆续推广到全国。公元1580年，全国共丈量田地七百多万顷，比十年前增加二百三十多万顷。随着额田的增加，国家财政收入大幅增加，这为推行一条鞭法创造了条件。

—条鞭法，是继唐代两税法之后，我国古代田赋制度的又一次重大改革。它使赋役合一，为清代的摊丁入亩制度做出了积极探索。

一条鞭法并不是张居正的首创。早在嘉靖年间，江西地区曾局部实行并取得可喜成绩，最后广东、浙江、应天、山东等地也先后实行过一条鞭法。海瑞在应天府实行一条鞭法时成绩斐然，使“田不荒芜，人不逃窜，钱粮不拖欠。”

张居正把一条鞭法推广到全国后，改变了当时极端混乱、严重不均的赋役制度，使农民有更多时间投入农业生产。张居正的理财政策除了为朝廷公室谋利，也十分重视人民的实际生活。他通过多种渠道设法减轻人民的赋役负担，甚至直接提出减免人民的税负。

随着清丈田亩和一条鞭法的推行，万历年间的财政状况大为好转，号称“太仓粟可支十年，周寺积金至四百余万。”