让他始料不及的是，退休生活更加纷纷扰扰。首先向他开炮的，是海瑞。

当年六月，海瑞出任应天巡抚。他锐意整顿当地钱粮赋役，勒令地方豪门退田。海青天一来，地方官吏豪绅为之胆寒，辖区内贪官污吏纷纷自动辞职。很多权贵把自家红色的大门改漆成黑色，并且赶紧减少车马随从。

徐阶的老家松江（今上海松江区）也在海瑞的辖区范围内。徐氏家族在当地拥有六万亩以上的良田，首当其冲要被退田。前任首辅的处境变得非常尴尬。

海瑞巡抚应天不到半年，便被弹劾为迂腐而不晓施政，改任为南京粮储。江南百姓听说后，纷纷哭送海青天离去。

海瑞没能奔赴新任。

徐阶退休后，高拱以吏部尚书之职再次入阁，他把海瑞的人事档案合到了南京户部。海瑞于是称病引退，回到了琼山老家。

被闲置了一年的高拱当然不会放过徐阶，接连命言官弹劾徐阶，要求调查徐家田产诉讼、逋负官钱以及家奴不法等事。徐阶的长子徐璠、次子徐琨因此被充军戍边，幼子徐瑛则被削籍为民。徐府所有田产皆被抄没，徐阶被迫避居他乡。

直到四年后明穆宗驾崩，高拱去职，徐阶才总算结束了凄惨的退休生活，得以安度晚年。

明穆宗在位不到六年就驾崩了。他登基以后纵情声色，身体每况愈下，终于病重驾崩。临终前，他将十岁的儿子朱翊钧（1563年—1620年）托付给内阁大学士高拱、张居正和高仪，是为明神宗。

公元1572年6月，明神宗登基继位，他依靠张居正开创了万历中兴局面。他在位四十八年，成为明朝在位时间最长的皇帝。

明神宗即位之初，面临的最大问题仍然是内阁纷争，这一次，内宫司礼监也掺和了进来。

按明穆宗的遗命，高拱是首席顾命大臣。在宫中，明神宗最信赖的人则是太监冯保。