蒙古骑兵在巴里黑城的街道上一边一路狂奔，一边斩杀街道上的百姓。

城内百姓这时也才意识到蒙古骑兵是来屠城的，个个哭天喊地，都说，真主啊，我们已经投降蒙古人了，为什么他们还要杀死我们？

城内百姓只得跑回家里躲藏。蒙古骑兵的战马无法进入百姓家中，只得下马，徒步进入百姓家中屠杀。城内百姓拿起菜刀、木棒等工具袭击蒙古骑兵。有个别蒙古骑兵遇袭身亡。

成吉思汗收到这一消息后，心想，我们现在只有三万骑兵，如果城内百姓拼死抵抗，一定要折损我们不少将士。

于是成吉思汗命令两万骑兵撤到城墙上，一万骑兵退回城门口。

撤退至城墙上的蒙古骑兵，遵照成吉思汗命令，使用火箭向城内射箭。超过十万支火箭射入城中，使城内燃起熊熊大火。

城内百姓出于无奈，只得拿着武器准备从城门口突围，又遭到城门口一万蒙古骑兵的射杀。

三万蒙古骑兵就这样轮流屠杀、轮番休息，至到第二天黄昏，城内再没有人往外跑，再没有传出任何人的声响。

到了第三天，城内大火渐渐熄灭，成吉思汗命令蒙古骑兵再次入城，清剿幸存的百姓。

当发现城内守军和百姓全部被杀死后，成吉思汗命令后勤步兵搬来巨石，将巴里黑城两道城门封死，然后命令全军在城外休整三日后，向撒马尔罕开进。