埃及人民听闻罗马可能介入的传言后，强烈反对流亡国王的回归。

罗马历史学家卡西乌斯·迪奥 (Cassius Dio) 记载称，埃及派出了一百人的使团，向罗马提出反对托勒密十二世恢复的理由。

托勒密似乎毒死了使团的领袖亚历山大的迪奥 (Dio of Alexandria)，并在使团未抵达罗马之前将其他大多数抗议者杀害。

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公元前55年，托勒密十二世·奥莱特向奥卢斯·加比尼乌斯 (Aulus Gabinius) 支付了1万塔兰特以征讨埃及，从而恢复了自己的王位。

奥卢斯·加比尼乌斯击败了埃及边境的军队，推进至亚历山大，攻击了宫殿，宫殿卫兵在没有抵抗的情况下投降了。

托勒密十二世恢复王位的确切日期尚不清楚。

最早的恢复日期可能是公元前55年1月4日，最晚的恢复日期则是同年6月24日。

恢复权力后，托勒密开始对贝伦尼丝四世采取行动，并与她的支持者一起将她处决。

托勒密十二世在亚历山大继续掌握权力，得到约两千名罗马士兵和雇佣兵——即“加比尼安尼”(Gabiniani) 的帮助。

这一安排使得罗马能够对托勒密施加影响，他一直统治到公元前51年因病去世。

公元前52年5月31日，他的女儿克利奥帕特拉七世 (Cleopatra VII) 被任命为共同统治者。

在托勒密十二世恢复王位的同时，罗马债权人要求偿还他们的贷款，但亚历山大的国库无法偿还国王的债务。

托勒密十二世从之前的错误中吸取了教训，将对增税的民众愤怒从自己身上转移到了罗马人身上，尤其是他的主要债权人——盖乌斯·拉比里乌斯·波斯图穆斯 (Gaius Rabirius Postumus)，并任命他为“财务大臣”，负责债务偿还。

也许是奥卢斯·加比尼乌斯施加了压力，促使托勒密十二世任命拉比里乌斯，后者现在直接掌控着埃及的财政资源，但他却过度榨取土地。

国王不得不将拉比里乌斯监禁，以保护他免受愤怒民众的伤害，之后又允许他逃脱。

拉比里乌斯很快离开埃及，回到罗马，到了公元前54年底。

在那里，他被指控“违背公款”，但在西塞罗 (Cicero) 的辩护下，被判无罪。

托勒密还允许贬值货币，试图偿还贷款。

临近托勒密十二世统治结束时，埃及货币的价值已经降至他第一次统治时的一半左右。

托勒密十二世于公元前51年3月22日之前去世。

他的遗嘱规定，克利奥帕特拉七世和她的弟弟托勒密十三世 (Ptolemy XIII) 应共同统治埃及。

为了保障自己的利益，他指定罗马人民为遗嘱的执行人。

由于元老院忙于处理自己的事务，他的盟友庞培 (Pompey) 批准了遗嘱。