然而，当他在托勒迈斯·阿科时，托勒密六世改变了立场。

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据犹太历史学家约瑟夫斯（Josephus）记载，托勒密六世发现亚历山大·巴拉斯的首相阿蒙纽斯密谋暗杀自己。

当托勒密六世要求惩罚阿蒙纽斯时，亚历山大·巴拉斯拒绝了。

于是，托勒密六世将他的女儿重新嫁给德米特里二世，并继续向北行进。

安条克的指挥官迪奥多图斯（Diodotus）和希拉克斯（Hierax）将城市交给了托勒密，并加冕他为亚洲之王。

在短时间内，文件称他为埃及和亚洲之王，他还开始了双重统治纪年，埃及的第36年等于叙利亚的第1年。

然而，担心托勒密王国和塞琉古王国的合并会引起罗马的干预，托勒密六世最终放弃了这一头衔。相反，他只吞并了科勒-叙利亚（Coele Syria），并承诺作为“善良的导师和指引者”辅佐德米特里二世。

亚历山大·巴拉斯从奇里乞亚率军返回，但在欧诺帕拉斯河（Oenoparas river）托勒密六世和德米特里二世击败了他的部队。

亚历山大·巴拉斯随后逃往阿拉伯地区，在那里被杀，他的头被送到了托勒密六世手中。

自亚历山大大帝去世以来，埃及和叙利亚首次实现了统一。

然而，托勒密六世在战斗中受伤，三天后去世。

到公元前145年晚些时候，德米特里二世已将所有托勒密军队驱逐出叙利亚，并带领他的军队一直推进到埃及边界。

托勒密六世似乎打算让他七岁的儿子，即同名的托勒密，继承王位，但亚历山大的民众却邀请了托勒密八世（Ptolemy VIII）登上王位。

年幼的托勒密最终被他的叔叔除掉，据称这件事发生在公元前143年之后，当时他曾担任首席祭司，甚至可能晚至公元前132/1年才被除掉。