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庞培随后逃往埃及。

卡托（Cato）逃往非洲。

其他一些人，如西塞罗（Cicero）和马库斯·朱纽斯·布鲁图斯（Marcus Junius Brutus），则乞求恺撒宽恕。

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庞培在到达埃及首都亚历山大港（Alexandria）时被杀害。

恺撒于公元前48年10月2日三天后到达。

由于季风的阻碍，恺撒无法离开城市，他决定调解埃及内战，介入儿童法老托勒密十三世·狄俄斯·菲洛帕托（Ptolemy XIII Theos Philopator）与他的妹妹、妻子和共同摄政女王克利奥帕特拉（Cleopatra）之间的争斗。

公元前48年10月底，恺撒在罗马收到他在法萨卢斯战役（Pharsalus）的胜利消息后，被任命为为期一年的独裁官。

在亚历山大港期间，他与克利奥帕特拉发生了私情，并且在托勒密和他的另一位妹妹阿尔西诺埃（Arsinoe）围攻下坚持到公元前47年3月。

恺撒在帕加马的米特里达梯（Mithridates of Pergamum）等东部盟友的支援下，在尼罗河战役（Battle of the Nile）中击败了托勒密，并将克利奥帕特拉立为统治者。

恺撒与克利奥帕特拉在尼罗河上举行了凯旋游行庆祝胜利。

他一直待在埃及，和克利奥帕特拉一起，直到同年6月或7月，尽管与他相关的评论并未暗示这一点。

大约在6月底，克利奥帕特拉为恺撒生下了一个孩子，名叫凯撒里昂（Caesarion）。

当恺撒到达安条克（Antioch）时，他得知在他在埃及期间，现在的克里米亚国王法尔纳凯斯（Pharnaces）试图夺回其父亲的王国——位于黑海对面的本都（Pontus），即今天的安纳托利亚北部。

他的入侵打败了恺撒的副官和当地的附庸国王，但恺撒在泽拉（Zela）与他交战，并立即击败了他，恺撒写下了“我来，我见，我征服”（veni, vidi, vici），这句话突显了他轻描淡写的对比庞培以往在本都的胜利。

随后，恺撒迅速离开，前往意大利。