塞琉古帝国的最终崩溃使庞培于公元前64年吞并了叙利亚（Syria），但其解体却使该地区动荡不安，许多城市趁机实现了独立。

公元前63年初，庞培离开安条克（Antioch），向南进军，先后占领了阿帕梅亚（Apamea）等沿海城市，随后越过黎巴嫩山脉，占领了佩拉（Pella）、约旦（Jordan）和大马士革（Damascus）。

庞培进一步南下进入犹太（Judea），是因为在希尔卡努斯二世（Hyrcanus II）和阿里斯多布鲁斯二世（Aristobulus II）的领导下，当地居民侵袭了腓尼基（Phoenicia），庞培希望制止这种情况。

初次进攻因哈斯蒙尼安内战（Hasmonean Civil War）而受到干扰，庞培支持希尔卡努斯二世对抗他的兄弟阿里斯多布鲁斯二世。

当他迫使阿里斯多布鲁斯二世投降耶路撒冷（Jerusalem）时，其防御者逃入圣殿（Temple），罗马军队首先攻入圣殿，随后进行了洗劫。

犹太成为由希尔卡努斯统治的附属王国，其北部地区则被并入十城联盟（Decapolis），这是一个由半自治城市组成的联盟。

犹太和这个联盟均成为新成立的叙利亚省（Syria）的附属。

其他组织变革包括设立比提尼亚（Bithynia）和本都省，米特里达梯的其他领土则分配给罗马盟友。

此外，卡帕多西亚（Cappadocia）的阿里奥巴尔扎涅斯一世（Ariobarzanes I）被恢复到王位，而小亚美尼亚则从提格兰手中夺走并并入加拉太（Galatia），庞培的盟友德约塔鲁斯（Deiotarus）成为新王国的统治者。

最后，奇里乞亚（Cilicia）获得了帕夫菲利亚（Pamphylia）的沿海地区，此地曾是海盗的中心，以及其他内陆地区，并重新组织为六个部分。

这些措施显着增加了罗马的收入，为庞培提供了多种机会来增加个人财富和赞助基础。

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在公元前62年回到意大利之前，庞培向他的军队支付了总计约16,000塔兰特（talents）的奖金，尽管人们担心他打算效仿苏拉，但他们在布伦迪西姆（Brundisium）抵达时被解散。

庞培的回程在每个停靠的地方都吸引了大量人群，显示出尽管参议院的意见分歧，庞培在大众中的人气依然如故。

他因在小亚细亚的成就被授予第三次凯旋式（triumph），这一荣誉在公元前61年他的45岁生日庆祝。

庞培声称，在东方设立的新省份使年国家收入从2亿增至3.4亿塞斯特斯（sesterces），此外还向国库额外支付了4.8亿塞斯特斯。