曹操诬陷孔融并导致其被杀，主要是由于孔融的言行触犯了曹操的权威和利益，以及孔融在当时的政治和文化地位使得他成为曹操的眼中钉。

对曹操专权的批评：孔融作为名士和官员，对曹操逐渐显露的专权倾向表示不满。 他曾在言论中讽刺曹操专揽朝政，不能以朝廷和皇帝做挡箭牌，这直接触怒了曹操。

反对封建诸侯：孔融曾上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内不得封建诸侯，这与曹操的政治策略相悖，引起了曹操的猜忌和不满。

对曹操个人行为的嘲讽：孔融知道曹操把袁绍的儿媳妇甄氏赏给了自己的儿子曹丕后，写信给曹操，用“武王伐纣，以妲己赐周公”的典故来嘲讽曹操。这个典故的影射意味明显，让曹操感到愤怒。

对曹操政令的嘲讽：在曹操颁布戒酒令时，孔融也多次写信给曹操，强调酒的益处，并 列举古代圣贤饮酒的例子来反驳曹操的禁酒令。这些言论虽然出于个人见解，但在曹操看来却是对其权威的挑战。

图谋不轨的指控：山阳人郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融。随后，曹操指使丞相军谋祭酒路粹上奏诬陷孔融，称他曾在北海“招合徒众”，图谋不轨，并说“有天下者何必卯金刀”（卯金刀是“刘”字的隐语），暗示孔融有谋反之心。

诽谤朝廷的言论：路粹还称孔融在接待孙权使者时诽谤朝廷，以及在与祢衡的对话中否认父母养育之恩等言论。这些言论被曹操视为大不敬、不孝之罪。

利用权力构陷：曹操作为当时的实际掌权者，利用自己的权力和 地位构陷孔融。他通过指使郗虑和路粹等人收集证据、上书诬告等手段，最终将孔融置于死地。

污蔑与抹黑：在孔融被处死后，曹操还写了一封告文来污蔑孔融的人品和言论。他列举了孔融和祢衡的所谓“大逆不道”的言论来为自己杀害孔融的行为辩护和开脱。

曹操诬陷孔融并导致其被杀的原因是多方面的。既有政治上的冲突和不满也有言论上的不敬与嘲讽更有被构陷的不法之事以及曹操的权谋与手段。这些因素共同作用导致了孔融的悲剧命运。